Dos años después del acontecimiento sucedido en la ciudad de Midgar, otro mal está acechando a la ciudad: el Geostigma, o Sindrome de la Cicatriz Estrellada. Por otro lado, el mal y el odio que la Corriente Vital se llevó consigo vuelve a emerger en forma de espíritus. Los catastróficos planes de estos personajes frutos del alma corrupta de Sephiroth tienen un nombre: Reunion. ¿Podrán nuestros amigos enfrentarse a ellos y de nuevo acabar con el mal que amenaza a la Tierra?.