Me autorespondo
Para cambiar de pops hay que dejar pulsado R mientras se carga el juego en la pantalla inicial de aviso negra con letras blancas.
El problema de ralentización del juego y cuelgue es porque el pops que le van bien al juego es el 3.72, y yo lo ejecuté con el último que tenía disponible (4.01). Una vez arrancado con el pops adecuado, la fluidez del juego es infinitamente mejor y no se cuelga, al menos por ahora.
Por ahi he leido la recomendación de usar la velocidad de carga de disco en "rápido" y que si en algun punto se cuelga, cargar con un pops superior (a excepción del 3.80 que con este no funciona).
De paso me he informado que los juegos de PSX con eboot multidisco solo van a partir del pops 3.71, con uno anterior el juego no arranca lanzando el tipico error.
Espero que esto le sirva a alguien al menos ^^